En una prestigiosa academia de música, se produce un incidente de explosión, encontrándose un fragmento de flauta en la escena. Posteriormente, dos graduados de la academia son asesinados, y la flauta hallada en el lugar vincula los casos como asesinatos en serie. Mientras tanto, Conan y sus amigos son invitados al concierto inaugural del nuevo auditorio creado por el fundador de la academia, donde conocen a Reiko Akiba, una soprano con oído absoluto. Conan descubre que Akiba también está siendo amenazada. ¿Qué hará Conan?